De momento, no se dieron las razones para esta abrupta salida, sólo se corre el rumor de que hubo problemas que motivaron la salida de Luna Vargas.
Fue en febrero del año 2013 cuando Luna Vargas y otras personas fueron nombradas en sus cargos y la Presidencia de México pidió que el Senado los ratificara.
A finales de septiembre de 2016, Luna Vargas reveló que 10 mil empresas irregulares habían facturado 293 mil millones de pesos por operaciones no realizadas (o sea, operaciones “fantasmas”) en lo que iba de ese año.
Eso se reveló derivado de un total de 13 mil verificaciones en domicilios fiscales para constatar irregularidades a través de modelos de riesgo, según explicó.
Desde 1988 hasta 2013 tuvo varios cargos en Secretaría de Hacienda, en SAT, y en el Gobierno del Estado de México, hasta que asumió el cargo en el SAT que deja hoy, en medio de especulaciones.