A pesar de la existencia de planes de desarrollo urbano en siete de los 22 municipios que comparten la cuenca del río Atoyac, ninguno tiene control sobre los comités de agua, todos hacen descargas residuales a cielo abierto y solo uno tiene plantas de tratamiento.
Puebla a través de sus plantas tratadoras reutiliza en algunos casos el agua que pasa por proceso, pero en Juan C. Bonilla y Miguel Xoxtla, no existen programas urbanos y tampoco herramientas de tratamiento del recurso hídrico, a pesar de que este último municipio cobra por saneamiento.
Los resultados de recorridos realizados por este medio constataron que en Coronango, San Miguel Xoxtla, Juan C. Bonilla y Santa Clara Ocoyucan no hay organismos operadores, y por consiguiente no tienen capacidad de sancionar descargas no autorizadas por la Ley de Agua y Saneamiento del Estado de Puebla, por falta de facultades.
Mientas que en Amozoc, a pesar de que existe un organismo operador, no controla a sus comités de agua, que son puestos por cada junta auxiliar, mismos que cobran los servicios sin que se tenga certeza del destino que tienen los recursos financieros que obtienen de los ciudadanos, además de que están autorizados para dar permisos de descargas de aguas industriales a las empresas, muchas de ellas no tienen plantas tratadoras.
En Cuautlancingo por ejemplo, a pesar de que opera un organismo de servicios de agua, no tiene planta tratadora y cobra por saneamiento, también lo hacen San Andrés y San Pedro Cholula, además de San Miguel Xoxtla, en esos cuatro municipios incluso se hacen descargas a cielo abierto, que son visibles en zonas residenciales.
Esas descargas también existen en Puebla, Santa Clara Ocoyucan, Amozoc, Coronango y Juan C. Bonilla. Otro de los problemas que tienen estos nueve municipios es que no tienen regulación sobre las personas que venden agua a través de vehículos contenedores, pues a pesar de que la Comisión Nacional del Agua (Conagua) solo otorga permisos para dar servicio a instituciones públicas, existen pozos destinados desde su origen a otros usos, como el agrícola, de los cuales se extrae recurso hídrico para su venta.
Aparte de las descargas a cielo abierto que son visibles en algunas barrancas, o el mismo afluente del Atoyac, también persiste otro problema, que no hay certeza de que los productos agropecuarios que se utilizan durante el proceso de siembra no son contaminantes y por consiguiente el agua de riego que llega a filtrarse también ha sido un foco de contaminación que llegaría a los mismos pozos del que se extrae el agua que algunas personas consumen por pipas.